故事开始于清朝末年，一位名叫李云山的年轻人，因为误杀人而逃亡到了深山里。他在山中过着孤独的生活，直到有他遇到了一个叫做林月的少女。

林月是一个神秘的女子，她住在山中的一座古庙里，每天都会来到李云山的小木屋里给他送饭。两人逐渐相知相爱，李云山向林月讲述了自己的故事，林月也向他透露了自己的身世。

原来，林月是一个被家族遗弃的孤儿，她被另一位名叫李云月的男子收养并抚养长大。李云月对林月十分疼爱，但他却是一个内心扭曲、性格变态的人。他对林月施虐，让她身心受到了巨大的伤害。

林月逃离了李云月的控制，来到了深山里。她在山中过着简朴的生活，但内心仍然充满了恐惧和不安。直到她遇到了李云山，她才感受到了真正的温暖和爱。

然而，幸福的时光总是短暂的。李云山因为误杀人而被抓走，林月也不知所踪。李云山在狱中度过了十年，他一直在思念着林月，但却再也没有见过她。

终，李云山被释放出狱，他回到了深山里，希望能够再次见到林月。但当他来到古庙时，却发现林月已经不在了。他在林月曾经住过的地方找到了一封信，信中写着林月已经去世，而她的灵魂则飘到了山顶的月亮上。

李云山在山顶上望着那明亮的月亮，心中充满了思念和悲伤。他知道，他和林月的爱情注定是凄美的，而他也将永远怀念她。

这就是《山月不知心底事》的故事，一段凄美的爱情故事，让我们感受到了人间真情的温暖和无奈。